Виндхуктың, Намибия астанасының тарихы XIX ғасырдың ортасынан басталады. Бастапқыда ыстық бұлақтарға бай бұл жерлер жергілікті гереро және нама халықтарына мәлім болды. Мұндағы алғашқы тұрақты қонысты 1840-жылдары орлам халқының көсемі Йонкер Африканер негіздеп, бұл жерді Винтерхук деп атады. Алайда қазіргі қаланың ресми негізі қаланған күні 1890 жылғы 18 қазан болып саналады, ол кезде неміс әскерінің майоры Курт фон Франсуа отардың әкімшілік орталығына айналған Альте Фесте бекінісінің алғашқы тасын қалады.
Виндхуктың аймақтың басты қаласы ретінде тез қалыптасуы бірнеше негізгі факторларға байланысты болды. Біріншіден, оның ел орталығындағы биік таулы үстіртте (теңіз деңгейінен шамамен 1650 метр биіктікте) стратегиялық орналасуы оны мінсіз әкімшілік және логистикалық торапқа айналдырды. Екіншіден, тұрақты тұщы су көздерінің болуы құрғақ климат жағдайында өмір сүру үшін өте маңызды болды. Қаланың неміс Оңтүстік-Батыс Африкасының астанасы ретінде таңдалуы оның өсуіне, биліктің орталықтандырылуына және сауда жолдарының дамуына ықпал етті.
Виндхуктың алғашқы бейнесі немістердің күшті ықпалымен қалыптасты, бұл бүгінгі күнде оның архитектурасынан байқалады. XX ғасырдың басында отаршылдық стильде салынған ғимараттар, мысалы, лютерандық Мәсіх шіркеуі (Christuskirche) және Альте Фесте бекінісінің өзі қалаға ерекше еуропалық реңк береді. Сол кездегі экономика әкімшілік функцияларға, әскери гарнизонға қызмет көрсетуге және айналадағы фермерлік шаруашылықтарды қолдауға шоғырланды. Мәдени өмір жергілікті халықтар мен еуропалық қоныстанушылар дәстүрлерінің қоспасы болды, бұл Виндхуктың қазіргі көпмәдениетті қоғамының негізін қалады.