Накала тарихы Мозамбиктің колониалдық кезеңімен тығыз байланысты. Бастапқыда бұл шағын елді мекен болған, ол өзінің ерекше географиялық орналасуының арқасында португалиялық билік кезінде белсенді дами бастады. Қала өзінің қазіргі түсінігінде 1960-шы жылдары, порт инфракұрылымы белсенді дами бастаған кезде қалыптаса бастады. «Накала» атауының өзі елдің осы бөлігінде басым макуа тілінен шыққан деп есептеледі.
Қаланың қалыптасуындағы негізгі фактор оның табиғи терең сулы айлағы болды — ол бүкіл Африканың шығыс жағалауындағы ең терең айлақ. Бұл стратегиялық артықшылық оның маңызды теңіз порты ретіндегі тағдырын алдын ала анықтады. Дамуға портты елдің ішкі аймақтарымен және көршілес Малавимен байланыстыратын теміржол желісінің салынуы да ықпал етті, бұл Накаланы транзиттік жүктер үшін негізгі көлік және сауда торабына айналдырды.
Накала экономикасы басынан бастап өңдеу мен экспортқа бағытталды. Қалыптасу кезеңінде қала өнеркәсіптік және ауылшаруашылық орталығына айналды. Негізгі салалар цемент өндірісі, кешью жаңғақтарын және сизальды (агавадан алынатын талшық) өңдеу болды. Порт, өнеркәсіптік кәсіпорындар және қызмет көрсету саласы негізгі жұмыс берушілерге айналып, қаланың аймақтағы одан әрі өсуі мен экономикалық маңызына негіз қалады.