Қазіргі қала Матаморос тарихы XVIII ғасырда басталады. 1774 жылы он үш отарлаушы отбасынан тұратын топ осында Сан-Хуан-де-лос-Эстерос-Эрмосос деп аталатын елді мекеннің негізін қалады. Шамамен жиырма жылдан кейін, 1793 жылы, елді мекенде францискандық миссия құрылып, оның атауы Вилья-дель-Рефухио болып өзгертілді. Қала өзінің қазіргі атауын 1826 жылы Мексиканың тәуелсіздік соғысы кейіпкерлерінің бірі Мариано Матаморостың құрметіне алды.
Матаморостың дамуында оның стратегиялық географиялық орналасуы негізгі фактор болды. Қала Рио-Гранде өзенінің оң жағалауында, Америка Құрама Штаттарымен шекарада және Мексика шығанағы жағалауына жақын орналасқан. Бұл оның маңызды сауда және көлік торабына айналуына ықпал етті. Портты қала мәртебесі және АҚШ-қа жақындығы оның экономикалық өсуін, әсіресе баламалы сауда жолдары қажет болған кезеңдерде анықтады. Мысалы, АҚШ-тағы Азамат соғысы кезінде Матаморос мақта экспортының негізгі орталығына айналды.
Бастапқыда қала экономикасы ауыл шаруашылығы мен мал шаруашылығына шоғырланған болатын, бірақ сауда тез арада алдыңғы қатарға шықты. «Мақтаның алтын ғасыры» деп аталатын кезең Матаморосқа бүкіл әлемнен саудагерлерді тартты, бұл космополиттік атмосфераның қалыптасуына ықпал етті. Бұл тарихи мұра, мәдениеттердің тоғысуы және шекаралық орналасуы әлі күнге дейін қаланың бірегей сипатын айқындап, оны Солтүстік Мексиканың тарихымен және мәдениетімен танысқысы келетін саяхатшылар үшін қызықты бағытқа айналдырады.