Жиі «Тынық мұхитының інжу-маржаны» деп аталатын Тумако тарихы терең өткенге тамыр жаяды. Еуропалықтар келгенге дейін бұл жерлерді шамамен б.з.д. VI ғасырдан б.з. II ғасырына дейін гүлденген бірегей Тумако-Ла-Толита мәдениетінің өкілдері мекендеген. Бұл өркениет керамика мен асыл металдардан жасалған шебер бұйымдар түрінде бай мұра қалдырды, олар әлі күнге дейін аймақта табылып жатады.
Қаланың негізі қалануымен екі негізгі күн байланысты. Бір нұсқа бойынша, бұл жердегі алғашқы елді мекенді 1570 жылы Тумас есімді жергікті халықтың көсемі негіздеген, қала оның құрметіне аталған деп есептеледі. Ресми құрылған жылы болып 1640 жыл есептеледі, сол кезде қала Сан-Андрес-де-Тумако толық атауын алды.
Қаланың дамуы оның стратегиялық географиялық орналасуына байланысты болды. Колумбияның Тынық мұхиты жағалауындағы шығанақта, Эквадор шекарасына жақын аралда орналасқан Тумако тез арада маңызды теңіз портына айналды. Бұл оның аймақтағы құнды ресурстар экспортталатын негізгі сауда торабы ретінде қалыптасуына ықпал етті.
Отаршылдық кезеңде және одан кейін де Тумако экономикасы экспортпен тығыз байланысты болды. Мұнда каучук және хина ағашының қабығы сияқты тауарлар шығарылды. Кейіннен ағаш дайындау және балық аулау маңызды салаларға айналды. Қаланың мәдени келбеті афроколумбиялық халықтың — плантациялар мен шахталарда жұмыс істеу үшін әкелінген адамдардың ұрпақтарының ықпалымен қалыптасты. Бұл мұра бүгінде жергілікті музыкада, асханада және дәстүрлерде айқын көрінеді.