Қазіргі Богордың бастаулары көне заманнан басталады, ол кезде Батыс Яваның құнарлы жерлерінде бүкіл Индонезияның мемлекеттілік негіздері қаланған болатын. Бұл жердегі қоныстар туралы алғашқы мәліметтер V ғасырдың ортасына — аймақтағы ең көне мемлекеттік құрылымдардың бірі болып табылатын индуистік Таруманагара кінәздігі дәуіріне жатады.
669 жылы Таруманагара ыдырағаннан кейін мұнда Сунда патшалығы пайда болды. Чиливунг және басқа да шағын өзендердің аралығында маңызды саяси және рухани орталыққа айналған Пакуан қаласы бой көтерді. Теңіз деңгейінен шамамен 265 метр биіктіктегі тау етегіндегі географиялық орналасуы қалаға табиғи қорғаныс пен салқын климатты қамтамасыз етті, бұл климатты ғасырлар өткен соң еуропалықтар өте жоғары бағалады.
Қаланың ресми құрылған күні 1482 жылғы 3 маусым болып есептеледі. Бұл Сунда астанасын Пакуанға қайтарған билеуші Силивангидің тәж киген күні. Ең көп таралған нұсқа бойынша «Богор» атауы ява тіліндегі bogor сөзінен шыққан, ол қант пальмасын білдіреді, дегенмен тарихшылар оның этимологиясы туралы әлі де таласады, көне ява тіліндегі «сиыр» деген сөзден бастап бұрмаланған голланд терминдеріне дейінгі нұсқаларды ұсынады.
Қала дамуының жаңа кезеңі 1687 жылы лейтенант Танувиджаяның экспедициясынан басталды. Көне Пакуанның қирандыларында ауылшаруашылық қоныстары пайда бола бастады, олар XVIII ғасырдың басына қарай әкімшілік ауданға бірікті. Колониялық құжаттарда «Богор» атауы алғаш рет 1752 жылғы 7 сәуірде ресми түрде тіркеліп, осы таңғажайып жердің өміріндегі жаңа тараудың басталғанын білдірді.