Амбон тарихы Ұлы географиялық ашулар дәуірімен және еуропалық державалардың дәмдеуіштер саудасын бақылау үшін жүргізген күресімен тығыз байланысты. «Дәмдеуіштер аралдары» ретінде белгілі Молукка аралдарының қақ ортасында орналасқан қала ғасырлар бойы қалампыр мен мускат жаңғағына монополияның арқасында әлемдік экономиканың негізгі орталықтарының бірі болды. Стратегиялық орналасуы мен қорғалған айлағы оны сауда және әскери кемелердің тоқтап, қызмет көрсетуі үшін тамаша орынға айналдырды, бұл оның тағдырын алдын ала айқындады.
Қаланың еуропалық тарихы XVI ғасырдың басында, португалдықтар еуропалықтардың ішінде бірінші болып ертегідей байлық іздеп осы жерлерге жеткенде басталды. 1526 жылы олар осында сауда бекеті мен бастапқыда Носа-Сеньора-де-Анунсиада деп аталған бекіністің негізін қалады. Алайда олардың үстемдігі ұзаққа созылмады. 1605 жылы португалдықтарды голландтықтар ығыстырып шығарды, олар фортты иеленіп, атын «Виктория» деп өзгертті. Көп ұзамай Амбон Голландтық Ост-Индия компаниясының аймақтағы басты цитаделі мен әкімшілік орталығына айналып, өзінің тек сауда ғана емес, сонымен бірге кең-байтақ аумақтың саяси және әскери орталығы ретіндегі мәртебесін нығайтты.
Еуропалықтардың ұзақ уақыт бойы қатысуы Амбонның мәдениеті мен қоғамына терең әсер етті. Ғасырлар бойы ерекше отаршылдық этнос — тамырында жергілікті тұрғындардың, Индонезияның басқа халықтарының және еуропалықтардың қаны ағатын амбондықтар қалыптасты. Христиандықтың таралуы жергілікті мәдени ландшафттың маңызды ерекшелігіне айналып, оны елдің көптеген басқа аймақтарынан ерекшеледі. Қала экономикасы толығымен Ост-Индия компаниясының мүдделеріне бағынып, дәмдеуіштер экспортына бағдарланды, ал қала халқы сол кездегі әлеуметтік иерархияны көрсететін, ерекше артықшылықтарға ие болған «қалалықтарға» (orang burger) және «ауыл тұрғындарына» (orang negri) бөлінді.