Рафина тарихы терең көне заманнан бастау алады. Қазіргі қала Арафен деп аталатын ежелгі аттикалық демнің (әкімшілік округтің) орнында орналасқан. Алғашқы жазбаша мәліметтер мен елді мекеннің әкімшілік бірлік ретінде ресми қалыптасуы б.з.б. VI ғасырдың соңына жатады, ол кезде Клисфен реформалары барысында Арафен Эгеида филасының құрамына енді. Ежелгі грек аңыздары бойынша, бұл жер өз атауын осы елді мекеннің алғашқы билеушісі және мифтік негізін қалаушы болып саналатын кейіпкер Арафенастың құрметіне алған.
Арафеннің дамуының негізгі факторы әрқашан оның тиімді географиялық орналасуы болды. Аттиканың шығыс жағалауында орналасқан елді мекеннің ыңғайлы табиғи гаваны болды, бұл оның тағдырын айқындады. Ежелгі заманнан бері порт материк пен аралдар арасындағы байланысты қамтамасыз ете отырып, Эвбея аралына (атап айтқанда, Каристос және Стира полистеріне) кемелердің аттануының маңызды нүктесі болды. Сонымен қатар, мұндай орналасу Эврип бұғазындағы теңіз жолдарын бақылауға мүмкіндік берді, бұл елді мекенге тек сауда ғана емес, сонымен қатар әскери маңыз берді.
Ерте Арафеннің экономикасы теңіз кәсіпшілігі мен ауыл шаруашылығының үйлесіміне негізделген еді, бірақ бұл жерге ең үлкен танымалдықты оның рухани өмірі әкелді. Тарту орталығы атақты Тавропола Артемидасының киелі орны болды. Богиня культі жергілікті тұрғындардың болмысында маңызды рөл атқарды: мұнда тұрақты түрде ауқымды мерекелер — Таврополиялар өткізіліп тұрды, олар Аттиканың басқа бөліктерінен қажыларды тартып, шағын портты қаланы аймақтың маңызды діни орталығына айналдырды.