Сан-Педро-Сула тарихы — география мен сауданың қала тағдырын қалай анықтай алатынының жарқын мысалы. Испан конкистадоры Педро де Альварадо тарапынан 1536 жылғы 27 маусымда негізі қаланған қала бастапқыда Вилья-де-Сан-Педро-де-Пуэрто-Кабальос деп аталды және жағалауға жақын орналасты. Өмірінің алғашқы жылдарында қала тіпті Гондураста өндірілген алтынды балқытып, Испанияның теңге сарайы қызметін де атқарды.
Қаланың ерте тарихына әсер еткен негізгі фактор оның жағалаудағы осал орналасуы болды. XVII ғасырдағы жиі және жойқын қарақшылық шабуылдар испандықтарды елді мекенді материктің ішкі бөлігіне, құнарлы Сула алқабына көшіруге мәжбүр етті. Бұл шешім қауіпсіздікті қамтамасыз ете отырып, сонымен бірге қаланы негізгі сауда жолдарынан оқшаулап, ұзақ уақыт бойы құлдырауға әкелді. XVIII ғасырда қала өзінің қазіргі Сан-Педро-Сула атауын алды, бұл «Әулие Петр алқабы» деп аударылады.
Қайта өрлеу тек XIX ғасырдың соңы — XX ғасырдың басында басталды. Экономикалық бум ауыл шаруашылығының дамуымен, атап айтқанда, бананның жаппай өсірілуімен байланысты болды, бұл аймаққа шетелдік компанияларды тартты. Сан-Педро-Суланы Пуэрто-Кортес портымен байланыстыратын темір жол құрылысы шешуші рөл атқарды. Бұл қаланы елдің маңызды көлік, өнеркәсіптік және экспорттық торабына айналдырып, оның Гондурастың «индустриялық астанасы» мәртебесін бекітті. Қала мәртебесі ресми түрде 1902 жылы берілді.