Баварияның астанасы және Германияның ең ірі қалаларының бірі болып табылатын Мюнхеннің тарихы ерте орта ғасырлардан бастау алады. Қаланың пайда болуына және тіпті оның атауына Изар өзеніндегі елді мекені болашақ мегаполистің негізін қалаған монахтар себепші болды. München атауы көне жоғарғы неміс тіліндегі Munichen сөзінен шыққан, ол «монахтардың жанында» дегенді білдіреді. Тегернзее монастырының алғашқы монахтары VIII ғасырда-ақ қазіргі Әулие Петр шіркеуі тұрған төбеге қоныстанған. Дегенмен, қаланың ресми құрылған күні 1158 жылдың 14 маусымы болып саналады.
Мюнхеннің негізін қалауда Бавария мен Саксония герцогы Арыстан Генрих шешуші рөл атқарды. 1158 жылы ол епископқа тиесілі ескі көпір мен кеденді қиратып, Изар өзені арқылы жаңа көпір салды. Бұл қадам оған сол кездегі табыстың негізгі көздерінің бірі — стратегиялық маңызды тұз жолын бақылауға алуға мүмкіндік берді. Тиімді географиялық орналасуы мен тұз саудасын бақылаудың арқасында елді мекен тез өсе бастады. 1175 жылы-ақ Мюнхен қала мәртебесін алды және оның айналасында алғашқы қорғаныс қабырғалары тұрғызылды.
1240 жылы қала 1918 жылға дейін Баварияны билеген Виттельсбахтар әулетінің иелігіне өтті. 1255 жылдан бастап Мюнхен олардың резиденциясына айналды, бұл оның дамуына қуатты серпін берді. 1507 жылы Бавария жерлері біріккеннен кейін, қала бүкіл Баварияның астанасы болып жарияланды. Қаланың ерте экономикасы сауда мен қолөнермен тығыз байланысты болды. Мұнда жеке монеталар соғылды және жүйелі түрде нарықтық сауда-саттық өткізіліп тұрды. Мәдени даму да кенде қалған жоқ: Виттельсбахтар әулетінің билеушілері өнерге қамқорлық жасап, Мюнхеннің болашақ әйгілі мұражайларының негізін қалады.