Орналасқан Филиппиндегі Лагуна провинциясында Сан-Педро қаласының тарихы отаршылдық дәуірден басталады. Ресми түрде оның негізі 1725 жылы 18 қаңтарда қаланған. Испан королінің жарлығымен бұрын «Табуко» деген атпен белгілі болған елді мекен көршілес Кабуяо қаласынан бөлініп, дербес қала мәртебесін алды. Бастапқыда қала Сан-Педро-де-Тунасан (San Pedro de Tunasán) деп аталды — бірінші бөлігі жебеуші әулие апостол Петрдің құрметіне, ал екінші бөлігі «Тунасан» жағалауда көптеп өсетін «тунас» дәрілік өсімдігінің атауына сілтеме жасайтын.
Сан-Педроның қалыптасуындағы негізгі фактор оның географиялық орналасуы болды. Ғасырлар бойы қала алдымен августиндіктер орденіне, содан кейін Сан-Хосе колледжінің иезуиттеріне тиесілі ірі асьенда (иелік) болды. Бұл оның аграрлық сипатын айқындады және жалға алушылар мен иелер арасындағы ұзақ жер дауларына әкелді. Манилаға стратегиялық жақындығы оны маңызды транзиттік пункт және «Лагуна провинциясына кіреберіс» етті.
Қаланың ерте экономикасы табиғи ресурстармен тығыз байланысты болды. Тұрғындар үшін кірістің негізгі көздері ауыл шаруашылығы, Лагуна-де-Бай көліндегі балық аулау, үйрек өсіру және жеміс ағаштарын егу болды. Сан-Педроға ерекше танымалдылықты оның символдарының біріне айналған сампагита гүлдерін өндіру әкелді. Уақыт өте келе, урбанизацияның өсуімен дәстүрлі кәсіптер өз орнын қаланың астананың ірі тұрғын үй маңы ретінде дамуына берді.