Филиппиндегі Нага қаласының отаршылдық дәуірге дейінгі кезеңнен басталатын бай тарихы бар. Еуропалықтар келмес бұрын, осы аттас өзеннің жағасында бикол халқының қонысы гүлденіп тұрған еді. Бұл жер атауын жергілікті диалектіде «нага» деп аталатын нарра ағаштарының көптігіне байланысты алған деген болжам бар.
Қаланың қазіргі түсініктегі ресми тарихы испандықтардың келуінен басталады. 1573 жылы испан конкистадоры Хуан де Сальседо осы жерден гүлденген ауылды тапты. Екі жылдан кейін, 1575 жылы капитан Педро де Чавес осы орында испан қаласының негізін қалап, оны сол кездегі генерал-губернатор әрі Испанияның Касерес қаласының тумасы Франсиско де Санденің құрметіне Сьюдад-де-Касерес (Ciudad de Cáceres) деп атады. Кейінірек қала испандық аттасынан ажырату үшін Нуэва-Касерес (Жаңа Касерес) деп атала бастады. Бұл атау 1595 жылғы 14 тамыздағы Папалық булламен бекітіліп, осында епархия құрылды.
Ең басынан бастап Нага (сол кездегі Нуэва-Касерес) Бикол аймағындағы испан билігінің маңызды орталығына айналды. Оның басты артықшылықтары — маңызды көлік жолы болған Бикол өзенінің бойындағы стратегиялық орналасуы және діни астана мәртебесі еді. Қала XVII ғасырдың басында Филиппиндегі бес испандық «сьюдадтың» (қаланың) бірі болды. Епархия орталығы ретіндегі рөлі оған діни қызметкерлердің ағылуын, шіркеулер мен семинариялардың салынуын қамтамасыз етіп, оның ықпалын күшейтті.
Өз мәртебесінің арқасында Нага тез арада бүкіл аймақтың білім беру және мәдени орталығына айналды. Мұнда алғашқы мектептер мен семинариялар ашылып, бұл барлық маңайдағы тұрғындарды қызықтырды. Қала экономикасы ауыл шаруашылығымен және өзен бойындағы саудамен тығыз байланысты болды. Уақыт өте келе испан қаласы мен байырғы ауыл бір қонысқа бірікті. Қала өзінің тарихи испан атауын 1919 жылы жоғалтып, ресми түрде Нага атанды, ал қазіргі түріндегі қала мәртебесін 1948 жылы алды.