Мабалакат қаласының тарихы оның географиясымен, байырғы халықтарымен және колониялық өткенімен тығыз байланысты. Қала атауы капампанган тілінен бастау алады және «балакат ағаштары көп жер» дегенді білдіреді — бұл бір кездері бұл өлкеде мол өскен қатты ағаш түрі.
Қоныстың ресми құрылған күні 1712 жыл болып саналады. Бастапқыда бұл аумақ аэта байырғы халқы, сондай-ақ негрито ретінде белгілі халық мекендеген қалың орман болған. Ұзақ уақыт бойы Мабалакат көршілес Бамбан қаласының бөлігі болды, бірақ біртіндеп жеке қауымдастық ретінде дамыды. Ерте тарихтағы маңызды сәт 1717 жылы діни қызметкер Андрес де Сан Фульхенсионың католиктік миссияны негіздеуі болды, бұл аймақты христиандандырудың бастауы болды.
Қаланың жедел дамуына бірнеше негізгі факторлар ықпал етті. Біріншіден, оның биік жазықтағы географиялық орналасуы тұрғындарды Пампанга провинциясының басқа бөліктеріне тән су тасқынынан қорғады. Екіншіден, құнарлы қара топырақ жазықтардан қоныс аударушыларды қызықтырды, олар қант қамысы мен күріш өсіріп, ауыл шаруашылығын белсенді дамыта бастады. Соңында, Пампанга және Пангасинан провинциялары арасындағы сауда жолында орналасуы оны маңызды экономикалық пунктке айналдырды.
Мабалакаттың ерте экономикасы негізінен аграрлық болды, бірақ үйлер мен кеме діңгектерін салу үшін пайдаланылатын бағалы балакат ағаштарын кесу де маңызды рөл атқарды. Мәдени тұрғыдан қала аэта байырғы халқының дәстүрлері, жазық капампангандарының мәдениеті және испан отарлаушыларының аралас ықпалымен қалыптасты. Бұл бай мұра әлі күнге дейін алғашқы аэта көсемдерінің бірінің құрметіне аталған Караган сияқты жергілікті фестивальдерде көрініс табады.