Филиппиндегі ең көне қалалардың бірі Бутуан тарихының тамыры отарлау дәуірінен бұрынғы терең ежелгі заманға кетеді. Минданао аралының солтүстік-шығысында орналасқан ол өзінің ерекше бейнесін қалыптастырған бай және ықпалды өткен шағының дәлелдерін сақтайды.
Археологиялық қазба жұмыстары бұл жерде дамыған елді мекеннің IV ғасырда-ақ болғанын айғақтайды. Алайда Бутуан туралы ірі сауда мемлекеті ретіндегі алғашқы жазбаша деректер XI ғасырдың басында Қытайдың Сун әулетінің шежірелерінде пайда болады. Отарлауға дейінгі кезеңде мұнда бүкіл Оңтүстік-Шығыс Азияда өзінің байлығымен және ықпалымен танымал болған индияланған Бутуан раджанаты гүлденді. Корольдіктің құдіреті бірнеше негізгі факторларға негізделді:
- Стратегиялық орналасуы: Агусан өзенінің сағасында және Бутуан шығанағының жағасында орналасуы қаланы теңіз саудасы үшін тамаша портқа айналдырды. Өзен жағалауды аралдың ішкі бай аудандарымен байланыстыратын басты көлік артериясы қызметін атқарды.
- Халықаралық сауда: Бутуан Қытаймен, Чампамен (ежелгі Вьетнам) және Шривиджаямен (Индонезия) белсенді байланыс орнатқан жанданған сауда орталығы болды. Көпестерді қызықтырған негізгі тауарлар алтын, дәмдеуіштер мен қолөнер бұйымдары болды.
- Дамыған теңізшілік: Ежелгі тұрғындардың теңіз шеберлігінің ең айқын дәлелі — әйгілі «балангай» қайықтары. Ең ертедегілері IV ғасырға жататын бұл үлкен ағаш кемелер кеме жасау мен навигациялық білімнің ең жоғары деңгейін көрсетеді.
Ежелгі Бутуан жай ғана сауда торабы емес, сонымен бірге гүлденген мәдени орталық болды. Археологтар мұнда жоғары әл-ауқат пен дамыған қолөнерді көрсететін әсем алтын әшекейлерді, керамиканы және басқа да заттарды қоса алғанда, көптеген артефактілерді тапты. Бұл олжалар Үндістанмен және басқа цивилизациялармен тығыз мәдени және сауда байланыстарын растайды. Қала тарихындағы жаңа кезең 1521 жылы Фернан Магеллан экспедициясының келуімен басталды, бұл испандық отарлаудың басталуына негіз болды. Ресми түрде Бутуан қала мәртебесін 1950 жылғы 2 тамызда алды.