Жабоатан-дус-Гуарарапис тарихы қазіргі Бразилияның қалыптасуындағы негізгі оқиғалармен тығыз байланысты. Бұл аумақтағы алғашқы елді мекендер XVI ғасырда пайда болды, ал муниципалитет ресми түрде 1593 жылғы 4 мамырда құрылды. Бастапқыда елді мекен тупи тіліндегі «Yapoatan» сөзінен шыққан Жабоатан атауын иеленді, бұл «діңі қатты ағаш» дегенді білдіреді. Оның өсуі колониялық кезеңдегі экономикамен, атап айтқанда, аймақтың өркендеуінің негізі болған қант зауыттарының жұмысымен тікелей байланысты болды.
Қала мен бүкіл ел тарихында оның географиялық орналасуы шешуші рөл атқарды. Дәл осы жерде, Гуарарапис төбелерінде 1648 және 1649 жылдары екі әйгілі шайқас өтті. Португалиялық-бразилиялық күштер мен голландтық басқыншылар арасындағы бұл шайқастар Пернамбуку көтерілісіндегі бетбұрыс сәт болып, голландтықтарды Бразилияның солтүстік-шығысынан қуып шығуға әкелді. Бұл оқиға бразилиялық ұлттық бірегейліктің және армияның бастауларының бірі болып саналады. Осы тарихи жеңістің құрметіне қала өзінің толық атауын — Жабоатан-дус-Гуарарапис деп алды, ал шайқастар өткен жерде бүгінде Гуарарапес ұлттық тарихи паркі орналасқан.
Қаланың ерте экономикасы толығымен қант қамысының айналасында болды. Көптеген плантациялар мен қант зауыттары (engenhos) тек экономикалық қана емес, сонымен бірге әлеуметтік өмір салтын да қалыптастырды. Ірі портты қала Ресифиге жақындығы сауда мен одан әрі дамуға ықпал етті. Осылайша, Жабоатан-дус-Гуарарапис маңызды ауылшаруашылық және тарихи орталық ретінде дамып, тәуелсіздік жолындағы күрес пен бразилиялық мемлекеттің қалыптасу тарихында өз есімін мәңгіге қалдырды.