Сан-Жозе-ду-Риу-Прету қаласының тарихы Бразилияның ішкі аумақтарын игерумен және ауыл шаруашылығының дамуымен тығыз байланысты. Ресми негізі қаланған күні 1852 жылдың 19 наурызы болып саналады. Бұл күні Минас-Жерайс штатынан келген Жуан Бернардину де Сейшас Рибейру жаңа елді мекен құру үшін жергілікті фермерден сыйға жер алды. Дәстүр бойынша, жер жебеуші әулие Әулие Иосифтің (São José) құрметіне берілді, бұл қала атының бірінші бөлігін берді.
Қаланың қалыптасуында оның Сан-Паулу штатының солтүстік-батысындағы стратегиялық географиялық орналасуы басты рөл атқарды. Бастапқыда елді мекен мал айдаушылар мен саяхатшылардың демалыс орны болды. Ерте кезеңдегі экономика алғашқы қоныс аударушылар негізін салған егіншілік пен мал шаруашылығына сүйенді. Дамудың бетбұрысты кезеңі 1912 жылы теміржолдың келуі болды, бұл қаланы маңызды логистикалық және сауда торабына айналдырды. Бұл оқиға, әсіресе XX ғасырдың басында аймақтың негізгі дақылына айналған кофенің өсірілуінің арқасында экономикалық бумға ықпал етті.
«Қара өзен бойындағы Әулие Иосиф» деп аударылатын қала атауы оның мәдени және географиялық тамырын — діни бағышталуы мен Риу-Прету өзеніне жақындығын көрсетеді. 1894 жылы елді мекен тәуелсіз муниципалитет мәртебесін алды, бұл оның әкімшілік маңызын нығайтты. Экономикалық өсу мен көлік инфрақұрылымының дамуы осында қоныс аударушыларды тартып, осы маңызды аграрлық және сауда орталығының болашақ гүлденуіне негіз қалады.