Каукая қаласының тарихы тамырымен отаршылдыққа дейінгі дәуірге барады, ол кезде қазіргі Бразилия жағалауындағы бұл құнарлы жерлерді байырғы халықтар, атап айтқанда Тапеба тайпасы мекендеген. Қаланың атауы тупи тілінен шыққан және бір нұсқа бойынша «ормандар тобы» немесе «орманды жер» дегенді білдіреді, бұл еуропалықтар келгенге дейінгі аймақтың табиғи болмысын көрсетеді.
Қоныстың ресми шежіресі XVIII ғасырдың ортасында, бұл жерлерге иезуит монахтары келген кезде басталды. 1741 жылы Альдея-дус-Тапеба (Aldeia dos Tapeba) миссиясының негізі қаланды, оның мақсаты жергілікті үндістерді христиандандыру болды. Кейінірек, 1759 жылы елден иезуиттер қуылғаннан кейін, қоныс ауыл мәртебесін алып, португал қаласының құрметіне Соуре (Soure) деп өзгертілді. Дегенмен, халық арасында «Каукая» тарихи атауы сақталып, қалаға тек 1943 жылы ғана ресми түрде қайтарылды.
Қаланың қалыптасуының негізгі факторлары оның Атлант мұхитына жақын тиімді географиялық орналасуы және жергілікті топырақтың құнарлылығы болды. Ерте экономиканың негізін мал шаруашылығы мен ауыл шаруашылығы құрады, ал Форталезаға жақындығы қажетті сауда байланыстарын қамтамасыз етті. Уақыт өте келе Каукая қарапайым миссионерлік пункттен Сеара штатының маңызды әкімшілік және мәдени орталығына айналды.