Богра қаласының тарихы Бангладеш аумағындағы ең көне елді мекендердің бірі — ежелгі Пундранагар қаласымен тығыз байланысты. Бүгінде Махастхангарх археологиялық кешені ретінде белгілі осы бір кездегі қуатты астананың үйінділері қазіргі қаладан небәрі 11 км жерде орналасқан. Бұл жер Бограның дамуына мәдени және тарихи негіз қалаған аймақтағы өркениеттің бесігі болып саналады.
Пундравардхана патшалығының астанасы — гүлденген Пундранагара туралы алғашқы деректер б.з.б. IV ғасырға, Маурья империясы заманына жатады. Археологиялық олжалар көптеген ғасырлар бойы қаланың ірі және жақсы бекітілген әкімшілік орталық болғанын, Гупталар мен Палдар әулеттерінің билігі кезінде де өз маңызын сақтағанын растайды. Қазіргі Богра қаласының өзі әлдеқайда кеш, 1821 жылы британдық билік кезінде ресми түрде негізделіп, өзінің ұлы ізашарының бай мұрасын иеленді.
Ежелгі қаланың жедел дамуы мен гүлденуіне оның стратегиялық орналасуы ықпал етті. Каратоя өзенінің жағасында орналасуы оны Бенгалияның түрлі бөліктерін байланыстыратын маңызды көлік және сауда торабына айналдырды. Осының арқасында, сондай-ақ астана және негізгі әкімшілік орталық мәртебесінің арқасында қала жанданған сауда орталығына айналып, экономикалық өсім мен мәдени алмасуға жол ашты.
Бастапқыда Пундранагар индуизмнің маңызды орталығы болды, ал кейінірек аймақтағы буддизмнің тіректерінің біріне айналды, бұған көптеген ғибадатханалар мен монастырьлардың үйінділері дәлел. Қала экономикасы құнарлы жерлер мен дамыған ауыл шаруашылығына негізделді, сонымен қатар қолөнер де гүлденді. Саяси және діни орталық мәртебесі зияратшылардың, саудагерлер мен ғалымдардың тұрақты ағынын қамтамасыз етіп, оны ежелгі Бенгалияның ең дамыған қалаларының біріне айналдырды.