Қазіргі Уоллонгонг аумағын бастапқыда Дхаравал (Dharawal) халқының аборигендері мекендеген. Қала атауы жергілікті тұрғындардың тілінде «бес арал» дегенді білдіретін woolyungah сөзінен шыққан деп есептеледі. Алғашқы еуропалықтар, зерттеушілер Джордж Басс пен Мэтью Флиндерс, бұл аймаққа 1796 жылы келген. Ал 1815 жылы жергілікті тұрғындар оларды малдарымен бірге эскарп беткейлері арқылы өткізгеннен кейін мұнда алғашқы еуропалық қоныстанушылар пайда болды.
Уоллонгонгтың одан әрі дамуы оның бай табиғи ресурстарымен тығыз байланысты болды. Қаланың қалыптасуында көмір өндіру негізгі рөл атқарды, оның кен орындары туралы алғашқы мәліметтер 1797 жылға жатады. XIX ғасырдың аяғында Уоллонгонг австралиялық колониялардағы көмір өндіру бойынша екінші орынға шықты, бұл аймаққа ауыр өнеркәсіпті тартты. 1875 жылы алғашқы кокс пештері салынды, ал 1928 жылы көршілес Порт-Кемблада болат балқыту зауытының іске қосылуы Уоллонгонгтың ірі өнеркәсіптік орталық мәртебесін біржола бекітті. Өнімдерді шығару үшін 1861 жылы ат трамвай желісі салынды, оны 1880 жылы паровоздар алмастырды. 1887 жылы Сиднейге дейінгі теміржол желісі құрылысының аяқталуы экономикалық байланыстарды одан әрі нығайтып, қаланың өсуіне ықпал етті.
XIX ғасырдың ортасында Уоллонгонг толыққанды қала белгілеріне ие бола бастады. 1856 жылға қарай оның халқы 864 адамды құрады. Осы кезеңде сот ғимараты (1858), алғашқы ратуша (1886) және аурухана сияқты маңызды қоғамдық ғимараттар салынды. Бастапқыда ауыл шаруашылығы мен орман дайындауға бағытталған экономика тез арада көмір өндіру мен кокс өндірісіне ауысты. 1883 жылы газбен жарықтандырудың пайда болуы және көлік инфрақұрылымының дамуы Уоллонгонгтың өнеркәсіптік бағыттағы маңызды аймақтық орталыққа айналғанын көрсетті.