Кильмес қаласының тарихы оған өз атын берген байырғы халықтың қайғылы тағдырымен тығыз байланысты. Бұл — мәжбүрлі көшіру, ассимиляция және Буэнос-Айрестің маңызды қала маңындағы елді мекендерінің бірінің кейіннен дүниеге келуі туралы хикая.
Қала 1666 жылы резервация-қоныс ретінде негізделген. Оның тарихы өздерінің туған жері Тукуман провинциясында 130 жыл бойы испан басқыншыларына қажырлы қарсылық көрсеткен кильмес үндіс халқын мәжбүрлі көшіруден басталады. 1667 жылы түпкілікті жеңіліске ұшырағаннан кейін, аман қалған отбасылар Ла-Плата өзенінің жағасына дейін 1500 шақырымға жуық жолды жаяу жүріп өтуге мәжбүр болды. Жүздеген адамның өмірін қиған бұл қажытқан көш тарихқа «Кильмес өлім шеруі» деген атпен енді. Жаңа жерде «Кильмес үндістерінің Қасиетті Крест редукциясы» (Reducción de la Santa Cruz de los Indios Quilmes) құрылды, бұл қазіргі қаланың бастауы болды.
Кильместің одан әрі дамуы бірнеше негізгі факторлармен айқындалды. Оның географиялық орналасуы маңызды рөл атқарды: Буэнос-Айреске жақындығы және Ла-Плата өзенінің жағасында орналасуы XIX ғасырда Кильместің астананың дәулетті тұрғындары үшін танымал жазғы демалыс орнына айналуына ықпал етті. XIX ғасырдың екінші жартысында қала бүкіл Аргентина сияқты еуропалық иммигранттарды тарту орталығына айналды, бұл оның экономикалық және мәдени дамуына серпін берді. Алайда, қаланың нағыз гүлденуі 1888 жылы неміс иммигранты Отто Бембергтің «Quilmes» сыра зауытын ашуынан басталды. Бұл кәсіпорын қаланың нышанына айналып қана қоймай, оны жұмыс күші мен инвестиция тартқан ірі өнеркәсіп орталығына айналдырды.
Елді мекен өмір сүруінің алғашқы кезеңінде оқшауланған қауымдастық болды, оның өмірі резервацияның қатаң ережелеріне бағынды. Байырғы халық біртіндеп азайып, XIX ғасырдың басына қарай резервация іс жүзінде қараусыз қалды. Қаланың жаңа өмірі иммигранттардың ағылуымен және көлік желісінің дамуымен басталды. Теміржолдың пайда болуы Буэнос-Айреспен байланысты нығайтты, ал құнарлы жерлер ауыл шаруашылығының дамуына септігін тигізді. Соған қарамастан, дәл сыра қайнату өнеркәсібі Кильместің экономикалық бейнесін біржола қалыптастырып, оны Аргентина шекарасынан тыс жерлерге де танымал етті.