Қала тарихы Калифорнияны испаниялық отарлау дәуірімен және аймақтағы көптеген заманауи елді мекендердің іргетасына айналған миссиялар жүйесінің дамуымен тығыз байланысты.
Негізінің қалануы және алғашқы деректер. Елді мекеннің ресми құрылған күні 1776 жылғы 1 қараша болып есептеледі. Дәл осы күні испаниялық францискандық діни қызметкер Хуниперо Серра қасиетті Иоанн Капистранскийдің құрметіне аталған Сан-Хуан-Капистрано миссиясының негізін қалады. Негізін қалаудың алғашқы әрекеті бір жыл бұрын жасалғанымен, дәл 1776 жылы қоңырау қазып алынып, ағашқа ілінді, бұл еуропалықтардың тұрақты болуының басталғанын білдірді.
Қалыптасудың негізгі факторлары. Елді мекеннің дамуына географиялық және стратегиялық артықшылықтардың бірегей үйлесімі ықпал етті. Алқап құнарлы топыраққа және тұщы суға ие болды, бұл құрғақ климатта өте маңызды еді. Елді мекен Сан-Диего мен Лос-Анджелес арасындағы испан миссияларының тізбегін байланыстыратын атақты «Корольдік жолда» (El Camino Real) сәтті орналасып, осы аймақтағы діни және әкімшілік биліктің маңызды орталығы қызметін атқарды.
Ерте мәдени және экономикалық ерекшеліктер. Ерте Сан-Хуан экономикасы ауыл шаруашылығы мен мәдениеттердің өзара іс-қимылына негізделді. Жергілікті байырғы халық — ачачемен үндістері құрылыс пен шаруашылықты жүргізуде шешуші рөл атқарды. Негізгі кәсіптері дәнді дақылдар өсіру және ірі қара мал өсіру, сондай-ақ тері мен шарап өндіру болды. Сол кездегі амбициялардың символы Ұлы тас шіркеудің құрылысы болды, ол, өкінішке орай, 1812 жылғы жер сілкінісінен қирап қалды.