Макаллен тарихы 1904 жылы, шотландық қоныстанушы және ранчо иесі Джон Мак-Аллен басқа серіктестерімен бірге өз жерінде қоныс негізін қалаған кезде басталды. Бастапқыда ол Батыс Мак-Аллен ретінде белгілі болды. 1907 жылы оның жанында бәсекелес Шығыс Мак-Аллен қалашығы пайда болды, алайда көп ұзамай, 1910 жылы екі қоныс бірікті. Ресми түрде Макаллен қаласы 1911 жылғы 21 ақпанда тіркелді.
Қаланың дамуында 1905 жылы St. Louis, Brownsville & Mexico Railway теміржолының келуі маңызды рөл атқарды. Бұл оқиға маңызды көлік байланыстарын қамтамасыз етіп, коммерциялық қызметті ынталандырды, Макалленді маңызды логистикалық торапқа айналдырды. Мексика шекарасына жақын орналасуы (шамамен 8 миль немесе 13 км) да екі ел арасындағы сауданың дамуына ықпал етіп, өсудің қуатты факторына айналды. Қала тез арада тауарлар импорты мен экспорты үшін маңызды пунктке айналды.
Бастапқы кезден-ақ Макаллен экономикасы ауыл шаруашылығымен тығыз байланысты болды. Рио-Гранде алқабындағы ирригациялық жүйелердің дамуының арқасында аймақ цитрус өнімдерін, көкөністер мен мақтаны өсіру орталығына айналды. 1915 жылдың өзінде-ақ Макалленнен теміржол арқылы грейпфруттың алғашқы партиясы жөнелтілді. XX ғасырдың бірінші жартысында қала халқы, соның ішінде мексикалық текті қоныстанушылардың көптігінен айтарлықтай өсті. Бұл қаланың американдық және мексикалық дәстүрлерді ұштастыратын бай мәдени мұрасының қалыптасуына негіз болды.