История Каакупе начинается задолго до его официального появления на административных картах. Истоки города восходят к началу XVII века и неразрывно связаны с легендой об индейце-гуарани по имени Хосе. Согласно преданию, спасаясь от преследования враждебного племени, он пообещал Деве Марии вырезать ее образ из дерева, если останется в живых. Сдержав слово, он создал статую, вокруг которой со временем начало формироваться поселение.
Официальной датой основания города считается 4 апреля 1770 года, когда лейтенант Карлос Морфи по поручению властей формально учредил город в этом месте, признав его растущее значение. В отличие от многих городов-форпостов того времени, Каакупе рос как мирное поселение, объединяющее коренное население и испанских переселенцев вокруг общей святыни.
Развитие города определялось не столько торговлей, сколько духовными и географическими аспектами. Главным фактором роста стало почитание «Девы чудес»: постоянный поток паломников требовал создания инфраструктуры, постоялых дворов и дорог. Свое имя город получил от фразы на языке гуарани «Ka'aguy kupe», что означает «за лесом» или «позади рощи», так как он удачно расположился в живописной холмистой местности департамента Кордильера.
С самого начала Каакупе формировался как «духовная столица» Парагвая. Экономика раннего периода была тесно связана с обслуживанием путешественников, особенно во время религиозных праздников. Культурная среда города отличалась синкретизмом: здесь гармонично переплелись католические традиции и обычаи народа гуарани, что нашло отражение в местной архитектуре и ремеслах.