История Пематангсиантара тесно переплетена с культурой народа батак-сималунгун и колониальным прошлым Индонезии. Город прошел путь от столицы древнего королевства до важного экономического центра Северной Суматры.
Изначально Пематангсиантар был столицей королевства Сиантар — одного из нескольких королевств народа сималунгун, где власть принадлежала династии Даманик. Точная дата основания города неизвестна, так как он развивался в качестве резиденции местного правителя (раджи). Первые же письменные упоминания о регионе «Сиантар» относятся к началу XIX века, когда британские исследователи описывали местные княжества.
Переломным моментом в истории города стало начало XX века, когда регион перешел под контроль голландской колониальной администрации. Голландцы, оценив потенциал плодородных земель, начали активно развивать здесь плантации каучука, чая и пальмового масла. В 1907 году Пематангсиантар стал административным центром, а в 1917 году получил статус муниципалитета (gemeente), что ускорило его развитие. Строительство дорог, связавших город с крупным портом Медан, превратило его в важный торговый узел.
В доколониальный период культура города была полностью основана на традициях народа сималунгун, однако с приходом голландцев и развитием плантационного хозяйства экономический и социальный ландшафт изменился. Для работы на плантациях привлекалась рабочая сила из других регионов, в частности с острова Ява, что сделало Пематангсиантар многонациональным городом. Экономика, ранее ориентированная на местное сельское хозяйство, переключилась на производство экспортных товаров, что способствовало росту и модернизации города.