Истоки современного Богора уходят корнями в глубокую древность, когда на плодородных землях Западной Явы закладывались основы государственности всей Индонезии. Первые упоминания о поселениях в этой местности относятся к середине V века — эпохе индуистского княжества Таруманагара, одного из старейших государственных образований региона.
После заката Таруманагара в 669 году здесь возникло королевство Сунда. В междуречье Чиливунга и других малых рек вырос город Пакуан, ставший важным политическим и духовным центром. Географическое положение в предгорьях на высоте около 265 метров над уровнем моря обеспечивало городу естественную защиту и прохладный климат, который веками позже так ценили европейцы.
Официальной датой основания города считается 3 июня 1482 года. Это день коронации правителя Силиванги, который вернул столицу Сунды в Пакуан. Название «Богор», по наиболее распространенной версии, происходит от яванского слова bogor, означающего сахарную пальму, хотя историки спорят о его этимологии, предлагая варианты от старояванского «корова» до искаженных голландских терминов.
Новый этап в развитии города начался в 1687 году с экспедиции лейтенанта Танувиджаи. На руинах древнего Пакуана стали возникать сельскохозяйственные поселения, которые к началу XVIII века объединились в административный район. В колониальных документах название «Богор» впервые официально зафиксировано 7 апреля 1752 года, знаменуя начало новой главы в жизни этого удивительного места.