История Амбона неразрывно связана с эпохой Великих географических открытий и ожесточённой борьбой европейских держав за контроль над торговлей пряностями. Расположенный в сердце Молуккских островов, известных как «Острова пряностей», город на протяжении веков был одним из ключевых центров мировой экономики благодаря монополии на гвоздику и мускатный орех. Стратегическое положение и защищённая гавань сделали его идеальным местом для стоянки и обслуживания торговых и военных судов, что и предопределило его судьбу.
Европейская история города началась в начале XVI века, когда португальцы первыми из европейцев достигли этих земель в поисках баснословных богатств. В 1526 году они основали здесь торговый пост и крепость, которая изначально называлась Носа-Сеньора-де-Анунсиада. Однако их доминирование было недолгим. В 1605 году португальцы были вытеснены голландцами, которые без единого выстрела захватили форт и переименовали его в «Виктория». Вскоре Амбон стал главной цитаделью и административным центром Голландской Ост-Индской компании в регионе, укрепив свой статус не только торгового, но и политического и военного центра обширной территории.
Длительное европейское присутствие оказало глубокое влияние на культуру и общество Амбона. За столетия сформировался особый колониальный этнос — амбонцы, в жилах которых течёт кровь коренных жителей, других народов Индонезии и европейцев. Распространение христианства стало важной чертой местного культурного ландшафта, отличая его от многих других регионов страны. Экономика города была полностью подчинена интересам Ост-Индской компании и ориентирована на экспорт пряностей, а городское население делилось на «горожан» (orang burger), пользовавшихся особыми привилегиями, и «сельских жителей» (orang negri), что отражало социальную иерархию того времени.