Хотя современное название Сюнан появилось на карте Японии совсем недавно, 21 апреля 2003 года, в результате слияния городов Токуяма, Синнанъё, Кумаге и Кано, история этих земель уходит вглубь веков. Историческим ядром региона является бывший город Токуяма, который веками играл значимую роль в жизни префектуры.
Фактическим началом становления города как важного центра можно считать 1650 год, когда был образован домен Токуяма — ветвь могущественного клана Мори. Именно тогда здесь был построен замок, вокруг которого начал формироваться классический призамковый город (дзёкамати), привлекавший самураев, ремесленников и торговцев.
Развитие региона определялось несколькими стратегическими преимуществами. Расположение на берегу Внутреннего Японского моря (Сэто-Найкай) обеспечило естественную гавань, защищенную островами, что способствовало развитию мореплавания. Кроме того, через эти земли проходил важный исторический тракт Санъёдо, соединявший западную часть Хонсю с политическим центром страны, что делало город важным транспортным узлом.
В эпоху Эдо экономика региона базировалась на традиционных промыслах: местные жители активно занимались рыболовством и производством соли. Однако с наступлением эпохи Мэйдзи и началом модернизации Японии регион быстро трансформировался. Благодаря удобной бухте, в начале XX века здесь был создан крупный военно-морской топливный склад, что заложило фундамент для превращения Сюнана в один из ведущих промышленных центров современной Японии.