Хотя современный город Фуэфуки как административная единица был образован 12 октября 2004 года путем слияния шести поселков, история этих земель уходит корнями в глубокую древность. Район Исава, ставший частью города, в прошлом играл ключевую роль в регионе, являясь столицей исторической провинции Каи до возвышения соседнего города Кофу. Название города происходит от реки Фуэфуки: согласно легенде, оно переводится как «Играющий на флейте» и связано либо с трогательной историей о матери, искавшей своего сына, либо со звуком ветра, напоминающим мелодию.
Формирование поселений на этой территории было обусловлено стратегически важным расположением в восточной части плодородной впадины Кофу. Наличие водных ресурсов способствовало раннему развитию земледелия, а прохождение через район исторического тракта Косю Кайдо стимулировало торговлю и приток путешественников. Эти земли также тесно связаны с истоками могущественного самурайского клана Такэда: до переезда в Кофу резиденция правителей находилась именно здесь, что обеспечивало региону высокий политический статус.
С давних времен регион развивался не только как аграрный, но и как духовный центр. В районе Итиномия находится почитаемое синтоистское святилище Асама (Каи-Итиномия), которое веками служило главным религиозным объектом провинции. Благодаря уникальному климату и почвам здесь зародилась знаменитая культура выращивания фруктов, превратившая Фуэфуки в «Персиковое королевство» Японии, а горячие источники стали основой для популярного курортного района Исава Онсен.