История Хагатны, административного центра Гуама, уходит корнями в глубокую древность. Это место было одним из важных поселений коренного народа чаморро, появившегося здесь, по разным оценкам, около 500 года нашей эры. Сегодняшнее название города происходит от слова на языке чаморро "haga", что означает "кровь", и напоминает о родовых связях, которые были основой древнего общества.
Современная история города началась в XVII веке с приходом испанцев. В 1668 году миссионер Диего Луис де Сан-Виторес основал здесь первую на острове католическую миссию, что положило начало превращению древней деревни в колониальный город Аганья — старое название Хагатны. Именно отсюда началась испанская колонизация Марианских островов, и город быстро стал административным и религиозным центром испанских владений в регионе.
Становлению Хагатны как столицы способствовало несколько факторов. Во-первых, ее стратегическое положение на западном побережье острова, в удобном заливе, делало город важным пунктом для испанских кораблей в Тихом океане. Во-вторых, став резиденцией испанского губернатора, Хагатна сосредоточила в себе всю административную и военную власть на острове. Кроме того, испанская администрация проводила политику централизации населения, переселяя коренных жителей чаморро в подконтрольные центры, одним из которых и стала Хагатна, что облегчало управление и распространение христианства.
В испанский период культура Хагатны представляла собой смешение традиций чаморро и европейского влияния. Католицизм стал неотъемлемой частью жизни, что отразилось в строительстве церквей, главной из которых стал Кафедральный собор Сладчайшего Имени Марии. Экономика города была тесно связана с его административным статусом и обслуживанием испанских гарнизонов и флота. Хотя Гуам и служил перевалочным пунктом для испанских галеонов, следовавших из Мексики на Филиппины, его экономическая роль была скорее вспомогательной, ориентированной на пополнение запасов провизии и пресной воды.