История Калбайога уходит корнями в начало XVII века. Изначально на этой территории, у берега реки, существовало небольшое поселение, известное как Тиайбан (Tiayban). Важную роль в формировании будущего города сыграли миссионеры-иезуиты, прибывшие на остров Самар для распространения христианства и основания новых общин.
Становление Калбайога как административной единицы происходило постепенно. Долгое время он оставался зависимым поселением, приписанным к миссии соседнего Капуля. Лишь к концу XVIII века, в 1785 году, Калбайог обрел статус самостоятельного прихода, что послужило отправной точкой для его дальнейшего роста и развития.
Превращение небольшого поселения в важный городской центр было обусловлено несколькими стратегическими факторами. Расположение на западном побережье острова Самар обеспечивало удобный выход к морю, а речная сеть способствовала внутреннему сообщению. В XIX веке, благодаря высокому мировому спросу на абаку (манильскую пеньку), регион пережил настоящий экономический бум. Развитие порта позволило Калбайогу стать главными торговыми воротами Самара, через которые товары отправлялись в Манилу и на соседние острова.
Название города окутано местными легендами. Самая популярная версия гласит, что оно произошло от недопонимания между испанскими колонизаторами и местным жителем. На вопрос о названии места житель, полагая, что спрашивают о его занятии, ответил «naga-bayog» (сплавляет древесину дерева байог). Со временем это выражение трансформировалось в современное имя города. Экономика того времени строилась на гармоничном сочетании сельского хозяйства и морского промысла, что сформировало уникальный торговый облик Калбайога.