История современного Пукона берет свое начало 27 февраля 1883 года. Город был основан как стратегический форпост в ходе процесса интеграции региона Араукания в состав чилийского государства. Основателем поселения считается полковник Грегорио Уррутия, который выбрал это место для создания укрепленного пункта, призванного обеспечить безопасность и контроль над приграничными территориями.
Превращению небольшого военного укрепления в процветающий город способствовало уникальное сочетание географических и экономических факторов. Расположение на восточном берегу озера Вильяррика у подножия одноименного вулкана обеспечивало доступ к пресной воде и плодородным землям. Кроме того, Пукон стал важным транспортным узлом на пути к горным перевалам Анд, связывающим Чили с Аргентиной, а окружающие густые леса позволили развить деревообрабатывающую промышленность.
В первые десятилетия своего существования Пукон развивался как центр лесозаготовки и животноводства. Важную роль в формировании культурного кода города сыграли европейские переселенцы, особенно выходцы из Германии. Их влияние до сих пор отчетливо прослеживается в местной архитектуре, традициях и гастрономии.
Уже в 1930-х годах начал раскрываться туристический потенциал региона. Строительство знаменитого Гран-отеля Пукон государственной железнодорожной компанией стало поворотным моментом, превратившим город из промышленного центра в престижное место отдыха, которое сегодня называют «столицей приключенческого туризма» Чили.