История Флорианополиса — это повесть о стратегическом значении, колониальных амбициях и культурном синтезе. Город был официально основан португальцами 23 марта 1726 года под названием Носса-Сеньора-ду-Дестерру. Однако первые португальские поселенцы во главе с Франсиску Диасом Велью появились на острове Санта-Катарина еще в 1675 году, заложив основу для будущего города и укрепив позиции португальской короны в южной части Бразилии. Изначально здесь проживали индейские племена тупи-гуарани, чье наследие сохранилось во многих географических названиях.
Ключевым фактором развития поселения стало его стратегическое расположение. Остров служил важным форпостом для контроля над южными территориями, оспариваемыми Испанией. Для укрепления обороны была возведена целая система фортов. В XVIII веке экономика города пережила бум благодаря китобойному промыслу, который сделал его одним из главных центров этой индустрии в стране. Торговля и портовая деятельность также играли важнейшую роль, а центром коммерческой жизни стал Флорианополисский общественный рынок, который и сегодня остается оживленным местом. Политическая власть была сосредоточена в здании, которое сегодня известно как Дворец Крус-и-Соза — бывшая резиденция правительства штата.
Культурное и демографическое лицо города окончательно сформировалось в середине XVIII века с массовым прибытием иммигрантов с Азорских островов. Эта миграция, стимулированная португальским правительством, принесла на остров уникальные традиции, архитектурный стиль, кулинарные обычаи и характерный диалект. Азорское наследие до сих пор является неотъемлемой частью идентичности Флорианополиса. Свое современное название город получил в 1894 году в честь маршала Флориану Пейшоту, второго президента Бразилии, после подавления федералистского восстания.