История местности, где сегодня расположен город Моруя, уходит корнями в глубокое прошлое. Изначально эти земли населяли аборигены народа юин (Yuin), для которых река и прибрежные территории были источником пищи и духовной силы. Название города происходит от аборигенного слова, которое по разным версиям переводится как «место отдыха» или «дом черного лебедя».
Европейское освоение началось в конце 1820-х годов, когда первые поселенцы оценили потенциал плодородных пойменных земель. Официально поселение было признано городом в 1851 году, что дало старт планомерной застройке и развитию инфраструктуры.
Развитие города во многом определялось удачным сочетанием географического положения и природных ресурсов. Расположение на берегу реки, впадающей в океан, превратило поселение в важный транспортный узел, служивший главной артерией для вывоза продукции в Сидней. Открытие золота в соседнем районе Аралуэн в 1850-х годах сделало город ключевым перевалочным пунктом для старателей и торговцев, что значительно ускорило его экономический рост.
Особую роль в истории сыграла добыча знаменитого моруйского гранита. Этот камень славился своим качеством и прочностью, став визитной карточкой региона. Именно из местного гранита были изготовлены облицовочные блоки и пилоны для знаменитого моста Харбор-Бридж в Сиднее, что навсегда вписало имя города в архитектурную историю Австралии. Параллельно развивалось сельское хозяйство: местные фермеры успешно занимались молочным животноводством и производством сыра.