Территория современного Франкстона изначально была населена представителями народа Бунуронг. История европейского освоения этих земель берет свое начало в середине XIX века. Официальной вехой в становлении поселения принято считать 1854 год, когда здесь состоялись первые продажи земельных участков. Существует несколько версий происхождения названия города: он мог быть назван в честь генерала Томаса Пиктона либо получить свое имя благодаря одному из ранних поселенцев, Чарльзу Фрэнксу.
Превращению Франкстона из небольшой деревни в значимый региональный центр способствовало удачное географическое положение на берегу залива Порт-Филлип, сделавшее город естественными воротами на полуостров Морнингтон. Важную роль сыграло и развитие транспортной инфраструктуры: строительство пирса в 1857 году и, что особенно значимо, открытие железнодорожной линии в 1882 году. Появление поезда, связавшего Франкстон с Мельбурном, дало мощный импульс росту населения и торговли.
В первые десятилетия местная экономика держалась на рыболовстве, сельском хозяйстве и заготовке ресурсов. Однако благодаря удобному сообщению и живописным видам город начал стремительно трансформироваться. Уже в конце XIX века Франкстон приобрел статус популярного морского курорта для жителей мегаполиса. Чистые пляжи привлекали отдыхающих, что стимулировало бурное развитие сферы услуг и гостиничного бизнеса.